Анализ интерактом врожденного иммунитета показывает, что сигнальные комплексы а и в принимают участие в определении прогноза в глиомах

Анализ участия HuR и TTP в болезни Паркинсона и болезни Альцгеймера

Курсовая работа

МОСКВА СУНЦ МГУ 2015

Автор: Козырева Елизавета Сергеевна 10н

Руководитель: Астахова Алина Анатольевна, младший научный сотрудник, МГУ им. М.В. Ломоносова, НИИ ФХБ им. А.Н. Белозерского, отделение Биокинетики.

Место выполнения работы: ФББ МГУ

ВВЕДЕНИЕ

В настоящей работе мы применяем методы транскриптомного анализа к исследованию нейродегенеративных заболеваний — болезни Паркинсона и Альцгеймера.

Нейродегенеративные заболевания – это заболевания, которые возникают в результате прогрессирующей дегенерации и гибели нейронов, входящих в определенные структуры центральной нервной системы, приводят к разрыву связей между отделами центрльной нервной системе и дисбалансу синтеза соответствующих нейромедиаторов и, как следствие, к нарушению памяти, координации движений и мыслительных способностей и т. д. Из этих заболеваний можно выделить болезни Паркинсона и Альцгеймера, как весьма распространенные и тяжелые.

Для анализа этих вопросов мы изучаем экспрессию генов, кодирующих белки HuR и TTP.

ELAV-подобный белок 1 или HuR представляет собой белок, который у человека кодируется геном ELAVL1. Это кодируемый белок содержит 3′ РНК-связывающие домены и связывает цис-действующие AU-богатые элементы. Это стабилизирует мРНК и тем самым регулирует экспрессию генов.

Tristetraprolin (ТТП), также известный как белок ZFP36, является белком, кодируемым геном ZFP36.

TTP связывается с AU-богатые элементы в 3′-нетранслируемые области мРНК, некоторых цитокинов(сигнальных белков отт клетки к клетке, провацирующих воспаление) и способствует их деградации. Мыши, дефицитные по TTP развивают сложный синдром воспалительных заболеваний.

В этой работе мы ищем коэкспрессию генов HuR и TTP при болезни Паркинсона и болезни Альцгеймера методами транкриптомного анализа.

Методы транскриптомного анализа — методы изучения клеток, при которых главным объектом исследования является транскриптом изучаемых клеток.Они позволяют нам считать транскриптом больных клеток и сравнить с транскриптомом здоровых.

Транскрипто́м — совокупность всех транскриптов, синтезируемых одной клеткой или группой клеток, включая мРНК и некодирующие РНК. Понятие «транскриптом» может обозначать полный набор транскриптов в данном организме или специфический набор транскриптов (молекул РНК), представленный в клетках определенного типа.Транскриптом может сильно меняться в зависимости от условий окружающей среды. Ввиду того, что понятие транскриптом включает в себя все транскрипты данной клетки, он также отражает профиль экспрессии генов в данный момент времени.Наиболее распространенный метод изучения транскриптома — секвенирование РНК и использование ДНК-микрочипов.

Технология microarray, применяемая для сбора данных об экспрессии генов, состоит в следующем.

Современный ДНК-микрочип состоит из тысяч дезоксиолигонуклеотидов (зондов, или проб), сгруппированных в виде микроскопических точек и закреплённых на твёрдой подложке. Каждая точка содержит несколько пикомолей ДНК с определённой нуклеотидной последовательностью. Олигонуклеотиды ДНК-микрочипа могут быть короткими участками генов или других функциональных элементов ДНК и используются для гибридизации с кДНК или мРНК (кРНК). Гибридизация зонда и мишени регистрируется и количественно характеризуется при помощи флюоресценции или хемилюминесценции, что позволяет определять относительное количество нуклеиновой кислоты с заданной последовательностью в образце.

Эта технология является высокоэффективной, так как дает точные результаты. Данные с ее помощью полученные, можно найти в базах данных, таких как GEO DataSets.

Мы выяснили, что при болезни Паркинсона гены ZFP36 и ELAVL1 неперспективны для исследований, так же как и ген ZFP36 при болезни Альцгеймера. Ген ELAVL1 может быть перспективным для исследований болезни Альцгеймера.

Настоящая работа имеет следующую структуру.

в разделе 2 кратко описаны методы и средства использованные в данном исследовании.

в разделе 3 описаны результаты этой работы

в разделе 4 проведен анализ результатовМоя работа является исследованием больных болезнью паркинсона и болезнью альцгеймера методами транскриптомного анализа.

ЦЕЛЬ

Проанализировать участие HuR и TTP в болезни Паркинсона и болезни Альцгеймера

ЗАДАЧИ

1. 
   Выделение дифференциально экспрессирующихся генов и их функциональных групп.
   

2. 
   Выделение генов, коэкспрессирующихся с генами ZFP36 и ELAVL1, входящих в состав ДЕГ, и их функциональных групп.
   

3. 
   Анализ полученных данных с целью выявления общих для каждой болезни и каждого гена групп.
   

4. 
   Анализ перспективности.
   

Поделитесь с Вашими друзьями: